南京军区福州总医院耳鼻咽喉头颈外科为院重点学科，下设有门诊、听力检查室、病房。门诊设有普通门诊和专家门诊。专家门诊时间是周一到周日上午和周一、周二下午。听力检查室各种检查设备齐全。病房设有40张床位，1张睡眠测试床位。
科室实力雄厚，其中颅底及颈部外科居于国内先进水平，曾获军队科技进步二等奖，是福建中医学院、福建医科大学硕士学位研究生培养点。科室有博士3人，副高以下均为硕士以上学历
